Les caractéristiques physiques des tortues-boîtes matures qui peuvent indiquer le sexe sont la forme du bas de la carapace, l'épaisseur de la queue, la longueur des griffes, la couleur des yeux et l'emplacement de l'anus. Le bas de la coquille est normalement incurvé vers l'intérieur chez les mâles et plat ou incurvé vers l'extérieur chez les femelles.
La queue d'une tortue mâle est généralement plus épaisse à la base que celle d'une femelle, et les griffes avant et arrière sont également plus longues pour les mâles. Les mâles peuvent également avoir une teinte orange ou rouge aux yeux par rapport aux femelles dont les yeux sont généralement bruns. Enfin, l'anus des tortues mâles matures est situé au-delà du bord de la carapace, alors que pour les femelles, il est normalement caché.
Comme les organes sexuels des tortues-boîtes sont situés à l'intérieur de la carapace, il est extrêmement difficile de déterminer le sexe d'une très jeune tortue. Cela peut prendre jusqu'à quatre ans pour qu'une tortue atteigne sa maturité sexuelle, puis encore 16 ans avant d'atteindre l'âge adulte. La durée de vie d'une tortue-boîte est très longue. Par exemple, la tortue-boîte de l'Est peut vivre jusqu'à 40 ans dans la nature et 100 ans ou plus en captivité.
