Pour obtenir le personnage Mewtwo dans le jeu vidéo "Pokémon Crystal", le joueur doit soit l'échanger en utilisant la Time Capsule, soit l'obtenir via un événement. Il ne peut pas être attrapé comme les autres personnages dans le jeu.
La Time Capsule permet à un joueur utilisant "Pokémon Crystal" d'échanger des personnages avec d'autres en utilisant un jeu Pokémon de première génération, ou avec sa propre copie d'un tel jeu. Les jeux de première génération sont "Pokémon Blue", "Pokémon Red" et "Pokémon Yellow". De plus, au Japon, "Pokémon Green" fait partie de la première génération. Le fichier de sauvegarde du jeu de première génération doit contenir Mewtwo pour pouvoir l'échanger contre "Pokémon Crystal".
Nintendo, l'éditeur du jeu, offre également des personnages aux joueurs lors d'événements officiels. C'est le seul autre moyen officiel d'obtenir Mewtwo dans le jeu "Pokémon Crystal".