Les Mega Bloks sont généralement entièrement compatibles avec LEGO. Les Mini Mega Bloks sont compatibles avec les blocs Duplo et standard de LEGO et leurs maxi blocs sont compatibles avec Duplo.
Bien qu'ils soient compatibles, certaines critiques affirment que Mega Bloks est une marque de qualité inférieure par rapport à LEGO. En raison de la qualité inférieure, des incohérences sont présentes dans les goujons et les trous Mega Bloks qui ne permettent pas toujours une bonne compatibilité avec LEGO. La compatibilité fonctionne mieux lorsque les briques sont superposées directement les unes sur les autres, contrairement aux modèles construits en 3D. LEGO est considéré comme un produit plus durable, mais les Mega Bloks sont beaucoup moins chers.
