Certains des personnages Pokémon les plus populaires incluent Pikachu, Mewtwo, Squirtle, Charmander et Bulbasaur. Ces Pokémon sont très appréciés des fans et sont tous présentés dans les films et émissions de télévision de la franchise.
Facilement le personnage le plus emblématique de la série, Pikachu est le Pokémon phare et la mascotte originale de la franchise. Le petit rongeur électrique est inséparable de Pokémon lui-même et est l'un des seuls personnages susceptibles d'être reconnus même par ceux qui ne connaissent pas la série. Bien que les fans inconditionnels n'apprécient peut-être pas sa sursaturation, on ne peut nier la popularité de Pikachu.
Pokémon le plus rare et le plus puissant des incarnations « Rouge » et « Bleu » originales de la série, la popularité de Metwo était assurée dès le début de la franchise. Un Pokémon psychique puissant, Mewtwo est caché au plus profond du donjon inconnu, une zone qui ne devient accessible qu'une fois que les joueurs ont terminé le reste du jeu. La renommée de Mewtwo a conduit à des apparitions dans d'autres médias, y compris le premier film Pokémon et le jeu de combat populaire de Nintendo "Super Smash Bros".
Les joueurs commencent la version originale de Pokémon en choisissant l'un des trois Pokémon de base : Bulbizarre, Carapuce ou Charmander. Représentant trois des principaux types élémentaires de la série, que ce soit l'herbe, l'eau ou le feu, le Pokémon "starter" original évolue pour devenir certaines des créatures les plus puissantes du jeu. Leur histoire, leur utilité et leurs apparitions importantes dans la série télévisée Pokémon originale font de Bulbasaur, Squirtle et Charmander trois des Pokémon les plus populaires du moment.