Il existe de nombreux sites en ligne qui permettent aux utilisateurs de vendre leurs cartes Yu-Gi-Oh : deux des sites les plus populaires sont eBay et TrollAndToad.com. Les deux sites permettent aux utilisateurs de vendre des cartes rares comme singles et cartes communes en vrac.
À partir de 2014, alors que TrollAndToad.com exige un vendeur de cartes d'une valeur minimale de 10 $ selon le guide des prix du site, eBay permet aux vendeurs d'offrir autant ou aussi peu de cartes qu'ils le souhaitent. Le guide de vente Yu-Gi-Oh d'EBay recommande d'offrir des cartes en gros lots afin d'augmenter les chances de vente. Pour vendre des cartes rares individuelles, telles que des holographes, eBay recommande d'offrir aux acheteurs des incitations, telles que des cartes bonus si une enchère atteint un certain prix.