Les serpents respirent en déplaçant les muscles qui entourent la cage thoracique. Ils n'ont pas le diaphragme qui commande le processus respiratoire des mammifères. Une contraction musculaire pousse l'air hors des poumons. Lorsque les muscles se détendent, les poumons se remplissent d'air.
Le travail d'échange de dioxyde de carbone contre de l'oxygène dans le processus respiratoire du serpent dépend du poumon droit. Il est plus long que le gauche et situé plus près de la bouche. Chez certaines espèces de serpents, le poumon gauche n'est que légèrement développé et ne remplit aucune fonction essentielle. Cependant, le poumon gauche des serpents d'eau aide à réguler la pression dans leur corps lorsqu'ils nagent. Entre les respirations, un serpent peut s'arrêter pendant quelques minutes.