Les ouragans peuvent dévaster les écosystèmes boisés et supprimer toute la foliation des couverts forestiers, et ils peuvent modifier les habitats si radicalement que les populations animales indigènes en souffrent. Espèces menacées dans les habitats tropicaux, estuariens et côtiers sont particulièrement à risque lorsque les ouragans frappent.
Les vents des ouragans ont l'impact environnemental le plus visible. Survoler une forêt tropicale après un ouragan révèle souvent que la couche de canopée a complètement disparu, ce qui a un impact sur la vie des oiseaux et des animaux qui utilisaient auparavant la zone située directement sous cette canopée comme habitat. Les zones boisées, telles que les marécages et les marais, subissent des destructions importantes lorsque les vents déracinent et détruisent les arbres.
L'onde de tempête et les précipitations considérables se combinent avec les vents forts pour menacer l'approvisionnement alimentaire disponible pour les animaux restants non tués par la tempête. Lorsque l'ouragan Hugo a frappé Porto Rico en 1989, la moitié des perroquets portoricains restants dans le monde sont morts dans la tempête. Le moqueur de Cozumel, qui ne vit que sur l'île mexicaine de Cozumel, a failli disparaître après que l'ouragan Gilbert a frappé l'île en 1988.
Les ouragans modifient également la forme des paysages côtiers en déplaçant d'énormes quantités de sable. Les ouragans de 2004, 2005 et 2008 ont provoqué des changements majeurs dans la côte du golfe du Mexique ; entre les ouragans Katrina et Rita, qui ont tous deux frappé en 2005, environ 73 miles carrés de terres ont été perdus dans la mer.
