Selon le Portland Community College, les bactéries appartiennent en réalité à deux règnes : les archébactéries et les eubactéries. Les archébactéries comprennent les bactéries qui vivent dans les environnements les plus hostiles de la Terre, tels que les bouches thermiques. Les eubactéries sont les organismes les plus courants, tels que ceux trouvés dans le système digestif humain.
Ces deux règnes contiennent les seuls procaryotes parmi les six règnes de la vie. Les procaryotes sont des organismes unicellulaires qui n'ont pas de structures appelées organites dans leurs cellules. Toutes les bactéries ont des parois cellulaires et sont les plus petites cellules parmi les êtres vivants. Certaines bactéries fabriquent leur propre nourriture, tandis que d'autres doivent consommer des substances dans leur environnement pour survivre. Les bactéries diffèrent grandement les unes des autres par leur structure et leur fonction.