Les principaux fleuves qui coulent en Allemagne sont le Rhin, le Danube et l'Elbe. La plupart des villes allemandes ont été construites sur les rives de ces fleuves. D'autres rivières notables incluent la Weser, la Spree, l'Oder, la Moselle, la Main, le Lech, la Lahn, l'Isr, la Havel et l'Ems.
Le Rhin est le plus long fleuve d'Allemagne et le 12e plus long d'Europe. Il part du sud-est des Alpes suisses et fait partie de la frontière franco-allemande avant de traverser l'Allemagne et de se jeter finalement dans la mer du Nord via les Pays-Bas. Il mesure environ 820 milles de long et a plusieurs branches et affluents le long de son chemin.
Le Danube prend sa source dans la Forêt-Noire dans la ville de Donaueschingen. Il coule ensuite vers le sud-est, traversant quatre capitales d'Europe centrale avant de se jeter dans la mer Noire par le delta du Danube en Ukraine et en Roumanie. Le Danube touche ou traverse les frontières de 10 pays : la Hongrie, la Serbie, l'Autriche, l'Allemagne, la Bulgarie, la Slovaquie, la Roumanie, la Croatie, la Moldavie et l'Ukraine. Son bassin versant s'étend dans neuf autres pays.
L'Elbe prend sa source dans la chaîne de montagnes Krkonose dans le nord de la République tchèque avant de traverser la Bohême, puis l'Allemagne et se jeter dans la mer du Nord. Ses principaux affluents sont les rivières Ohre, Schwarze Elster, Mulde, Havel, Saale et Vltava. Le bassin de l'Elbe est le quatrième plus grand d'Europe et il est habité par environ 24,5 millions de personnes.