Les principaux plans d'eau en Allemagne sont le Danube, le Rhin, l'Elbe et la Weser. L'Allemagne possède quelques petits lacs, mais ceux-ci sont principalement glaciaires et situés dans les montagnes. Le plus grand lac, Bodensee, se trouve à la frontière de l'Allemagne avec la Suisse et l'Autriche.
Les plus grands fleuves d'Allemagne sont le Danube et le Rhin. Le Rhin est long de 820 milles. Il commence dans les Alpes suisses et s'étend vers le nord jusqu'à la mer du Nord. De nombreux petits fleuves et affluents composent le système rhénan. Parmi ceux-ci se trouvent les rivières Lippe, Ruhr, Moselle, Neckar et Main. Le Rhin est particulièrement critique pour l'Allemagne car il peut être navigué par bateau sur toute sa longueur, ce qui en fait une route de navigation importante pour les marchandises.
Le Danube, qui est l'un des plus grands fleuves d'Europe, est situé dans le sud de l'Allemagne. Il commence dans la célèbre Forêt-Noire d'Allemagne et s'écoule vers l'est jusqu'à la mer Noire. Le système de l'Elbe est le deuxième plus long fleuve d'Allemagne. Les rivières Oder et Neisse, bien qu'elles ne soient pas les principales rivières d'Allemagne, forment la frontière entre celle-ci et la Pologne.
Outre les rivières et les lacs occasionnels, les sources minérales sont une caractéristique importante en Allemagne. Ces sources ont des eaux chaudes et froides et sont à la base de plusieurs spas célèbres.
