Les fleuves dominants en Allemagne sont l'Oder, le Danube, le Rhin, la Weser et l'Elbe. Tous ces cours d'eau se jettent dans la mer Baltique, la mer Noire ou la mer du Nord.
L'Oder se jette dans la mer Baltique. Originaire de la République tchèque, il forme jusqu'à 116 milles de la frontière allemande avec la Pologne. Historiquement, l'Oder était une route commerciale clé dans la région.
Le Danube, le deuxième plus long fleuve d'Europe, se jette dans la mer Noire. Le Danube prend sa source dans la Forêt-Noire allemande et traverse les États de Bade-Wurtemberg et de Bavière. En Bavière, le Danube traverse la plus ancienne ville de son parcours : Ratisbonne. Ratisbonne a été officiellement fondée en 179 après JC par Marc Aurèle, mais un fort romain sur le site date de 90 après JC
Le Rhin, la Weser et l'Elbe se jettent dans la mer du Nord. La rivière Weser est la seule des trois à se situer entièrement dans la nation allemande. Le Rhin, ou Rhein en allemand, est l'une des régions viticoles les plus importantes d'Allemagne. La vallée du Rhin est une région de culture majeure pour une grande partie du vin allemand de Riesling. L'une des villes les plus célèbres de la partie allemande de l'Elbe est Dresde, le site d'un bombardement controversé des forces alliées pendant la Seconde Guerre mondiale.