Alors que les clés USB peuvent être un moyen facile de transférer des fichiers entre ordinateurs, elles peuvent également être un vecteur d'infections par des logiciels malveillants. Tout ordinateur sur lequel la lecture automatique est activée peut exécuter automatiquement des fichiers infectés sur une clé USB. , déclenchant une infection. Les clés USB ont également une durée de vie relativement courte par rapport à d'autres formes de supports, car chaque cellule de la mémoire flash ne peut accepter qu'un nombre défini de réécritures.
Les clés USB peuvent également être limitées par le matériel du PC. La vitesse à laquelle les fichiers peuvent être lus ou écrits dépend de la version USB installée sur un PC donné. L'USB 2.0 peut transférer environ 60 mégaoctets par seconde, ce qui peut rendre le transfert de gros fichiers fastidieux. L'USB 3.0, quant à lui, peut atteindre des vitesses allant jusqu'à 640 mégaoctets par seconde. Cependant, très peu de clés USB sont capables d'atteindre cette limite de vitesse maximale, obligeant les utilisateurs à porter une attention particulière aux spécifications afin d'obtenir la clé USB la plus rapide possible.
Les clés USB sont également sujettes aux pannes matérielles. L'intérieur d'une clé USB est souvent simplement un circuit imprimé soudé à la prise USB, et comme ces périphériques dépassent du côté ou de l'avant d'un ordinateur, ils ont tendance à être heurtés ou heurtés très facilement. Le point de jonction est le point le plus faible et un point de défaillance, ce qui facilite la rupture de la connexion USB et rend le lecteur inutilisable.
