Les inconvénients associés à la recherche historique comprennent le biais, l'inaccessibilité et l'incomplétude. Étant donné que de nombreux articles ou références utilisés n'étaient pas initialement destinés à faire l'objet de recherches, les informations présentées peuvent être exagérées afin pour fournir des détails plus intéressants sur un compte. De plus, certains livres ou articles peuvent ne pas avoir été conservés et donc être inaccessibles ou incomplets.
La recherche historique peut inclure des autobiographies de personnages célèbres ou des journaux intimes qui présentent l'écrivain sous un jour positif. Par conséquent, les informations sont souvent basées sur un témoignage oculaire plutôt que sur des données factuelles. De plus, la recherche extraite peut contenir des données spécifiques qu'un chercheur peut ne pas posséder ni avoir expérimenté. Les lettres, par exemple, peuvent supposer beaucoup d'informations préalables de la part du lecteur.
Le Roy Rosenzweig Center for History and New Media présente l'histoire numérique sur le Web, affirmant que la possibilité de stocker des médias numériques permet un meilleur accès aux événements et informations historiques. La capacité supplémentaire fournie par les bits et les octets permet aux historiens d'accéder à des vidéos, des articles, des images et une variété de documents. En conséquence, les universitaires, les éducateurs et le grand public peuvent examiner toutes sortes de données, leur donnant ainsi la latitude d'utiliser des médias plus fiables.