L'un des inconvénients de l'utilisation du développement conjoint d'applications est que les parties prenantes peuvent relever les mauvais défis liés au développement d'applications, car elles ont assisté à la réunion sans y être préparées. De même, la sélection des personnes pour participer aux forums peut altérer ou biaiser les résultats. Si cela se produit, l'ensemble du processus de développement de l'application peut être compromis. Un autre inconvénient est que les ressources peuvent être insuffisantes pour résoudre les problèmes.
Le développement conjoint d'applications (JAD) est une approche de développement de systèmes en intégrant l'expérience de l'utilisateur final dans le processus. Les partisans de l'idée soutiennent qu'une mauvaise communication entre les développeurs de systèmes professionnels et les utilisateurs du système représente la moitié de toutes les erreurs système. Malgré les inconvénients ci-dessus, JAD a aidé les professionnels de l'informatique à développer des systèmes et des applications plus efficaces. Notamment, le plus grand avantage est que les participants sont issus de différents départements d'une organisation. Le fait qu'ils proviennent de niveaux de connaissances variés signifie qu'ils apportent des besoins divergents à satisfaire. Même avec les inconvénients, cette approche a été présentée comme une excellente méthode de résolution de problèmes. Il utilise des outils de recherche et de communication tels que des entretiens, des groupes de discussion et des questionnaires. Bien que les entretiens soient longs et coûteux, il est impossible de saisir des indices non verbaux des répondants à l'aide de questionnaires.