Chez les individus en bonne santé, le seul effet secondaire courant des probiotiques est un léger inconfort digestif, comme sous forme de gaz, selon le National Center for Complementary and Integrative Health. Cependant, en 2015, les scientifiques ont encore des incertitudes quant à la sécurité à long terme de la prise de probiotiques, et des recherches supplémentaires sont nécessaires. La prise de probiotiques peut provoquer des infections graves chez les personnes qui ont subi une intervention chirurgicale récemment, qui sont gravement malades ou dont le système immunitaire est affaibli.
Tous les produits probiotiques ne contiennent pas les mêmes brins de bactéries, ce qui signifie qu'il est possible que certains produits soient plus sûrs que d'autres, note le National Center for Complementary and Integrative Health. Par exemple, les résultats d'une étude ont indiqué qu'un brin spécifique de Lactobacillus semble être sans danger pour les personnes en bonne santé de plus de 65 ans, mais l'étude n'est pas une preuve suffisante que l'utilisation de probiotiques en général est sans danger chez les personnes âgées.
Malgré les affirmations selon lesquelles les probiotiques sont utiles dans la gestion d'un large éventail de problèmes de santé, il existe peu ou pas de preuves scientifiques disponibles, met en garde le National Center for Complementary and Integrative Health. Il existe des preuves que les suppléments de probiotiques préviennent la diarrhée chez les personnes qui prennent des antibiotiques ou qui ont certaines infections. Il existe également des preuves que les probiotiques peuvent atténuer les symptômes du syndrome du côlon irritable. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour déterminer quels probiotiques spécifiques sont les plus efficaces pour fournir ces avantages et combien les patients doivent prendre pour obtenir ces avantages.
