Certains des thèmes centraux ou de la morale des "Trous" de l'auteur Louis Sachar incluent le destin et le déterminisme, l'amitié et ses avantages, l'importance de l'histoire dans la vie quotidienne et la cruauté. Selon l'auteur, il n'a jamais eu l'intention d'écrire une histoire sombre ou effrayante ; cependant, de nombreux lecteurs ont trouvé qu'il en était ainsi.
Parmi les thèmes moralisateurs, la nature mutuellement bénéfique de l'amitié est parmi les plus évidentes. Le lien entre Stanley, le protagoniste, et Zero mène finalement à leurs deux survies, sans parler de leur enrichissement.
Les explorations des effets destructeurs de la cruauté, qui sont également les parties de l'histoire que de nombreux lecteurs ont trouvées sombres, incluent la punition arbitraire de M. Sir à l'encontre de Stanley pour ses propres mauvais traitements aux mains du directeur.
