L'un des effets les plus importants de l'impérialisme espagnol en Amérique latine a été la dévastation des peuples autochtones. La conquête espagnole de l'Amérique du Sud et centrale a réduit la population locale d'environ 50 millions de personnes à environ 8 millions.
Bien que de nombreux indigènes aient été tués alors qu'ils résistaient aux invasions espagnoles, la plupart des décès étaient dus à la propagation de maladies européennes. Les Amérindiens n'avaient jamais été exposés à ces maladies et n'avaient aucune immunité naturelle contre celles-ci, ce qui fait que des maladies courantes telles que la rougeole et la coqueluche ont des conséquences mortelles. Beaucoup de ceux qui ont survécu aux maladies ont été réduits en esclavage par les Espagnols, entraînant davantage de décès dus à la malnutrition et au surmenage.
L'impérialisme espagnol en Amérique latine a également enrichi l'Espagne et aidé à financer ses guerres contre d'autres puissances européennes. Les colons espagnols recherchaient des métaux précieux et des pierres précieuses, utilisant le travail des esclaves pour extraire de grandes quantités d'argent et d'autres matériaux précieux.
L'implication de l'Espagne en Amérique latine a également contribué à alimenter la traite transatlantique des esclaves. Les colons espagnols pensaient que les peuples autochtones étaient mal adaptés pour travailler dans les mines, ils ont donc importé des esclaves africains pour travailler à la place. L'Espagne n'était pas la seule puissance européenne à utiliser des esclaves africains dans ses colonies américaines, mais c'était un acheteur majeur. Cela a contribué à la dévastation et à la déstabilisation à long terme de l'Afrique. Cela a également conduit à des changements dans la démographie et la culture de l'Amérique latine en tant qu'esclaves africains mélangés aux populations autochtones.