Peanut the Royal Blue Elephant, Coral Casino the Bear, Trap the Mouse et Slither the Snake sont parmi les beanie Babies TY à collectionner les plus rares et les plus chers. Parmi les autres Beanie Babies rares, citons Pékin le panda, Senna-Kun le chien, Softbank Hawks l'ours et l'ours de Hong Kong. Parmi ces rares TY Beanie Babies, ceux qui atteignent le prix de vente le plus élevé incluent l'étiquette volante originale encore apposée.
Rex le dinosaure, Steg le dinosaure, Bronty le dinosaure et Caw le corbeau noir sont également des Beanie Babies à collectionner rares. Dans chacune des trois générations de Beanie Babies, il existe plusieurs animaux rares qui se vendent à des prix élevés lorsqu'ils sont en parfait état. Bumble the Bee, Dusty the Bear, Lucky the Ladybug, Manny the Manatee et Princess the Bear sont d'autres Beanie Babies qui sont moins rares que certains des autres, mais dont le prix est considérablement plus élevé que leur prix d'achat d'origine.
Beaucoup des rares Beanie Babies à collectionner commémorent un événement particulier et n'étaient disponibles à l'achat que lors de l'événement, ce qui rend leur sortie d'autant plus limitée. Encore plus rares, les Beanie Babies sont des animaux à court terme qui ont été abandonnés ou modifiés, limitant la quantité produite et augmentant leur coût.
