Les algues moutarde sont causées par des niveaux insuffisants de chlore libre et disponible, un niveau de pH trop élevé ou un nettoyage ou un brossage insuffisant des surfaces de la piscine. Chacun de ces problèmes permet aux minuscules plantes microscopiques d'entrer dans une piscine par la pluie, le vent ou l'eau de remplissage pour établir une maison.
Augmenter la quantité de chlore dans une piscine est assez efficace pour prévenir les algues moutarde, mais il a un niveau élevé de résistance au chlore. Le niveau de pH de la piscine doit être maintenu entre 7,4 et 7,6 et son alcalinité doit être comprise entre 120 et 150 ppm pour inhiber efficacement la croissance des algues moutarde.
Les algues moutarde ont une consistance poudreuse qui s'accroche aux parois de la piscine et ressemble à une tache jaune ou à du sable. Frotter les parois et aspirer les algues en utilisant le réglage des déchets est la première étape du nettoyage de la piscine. Un choc doit être ajouté pour éliminer toutes les algues restantes, et un brossage répété des murs et du sol est nécessaire au cours des prochains jours pendant que le choc fait son travail. Le nettoyage de tous les jouets, équipements, maillots de bain et autres objets qui ont été dans la piscine est essentiel pour empêcher la réintroduction des algues une fois l'infestation éliminée.
Les algues moutarde apparaissent souvent du côté ombragé de la piscine. Les algues vertes sont plus courantes, flottant librement et rendent l'eau verte. Les algues noires forment un revêtement noir et lisse sur les surfaces de la piscine.