Les principales caractéristiques physiques du Japon sont les chaînes de montagnes, les volcans et les forêts denses. Le pays compte peu de plaines, qui se trouvent principalement autour de la côte, un petit nombre de lacs et plusieurs rivières courtes.
Environ 80 % du Japon est montagneux avec des volcans inactifs et actifs. Les Alpes japonaises, situées sur l'île de Honshu, sont d'énormes montagnes mesurant entre 8 000 et 10 500 pieds de haut. La plus haute montagne du Japon est située près de Tokyo. Ce cône volcanique, appelé Fujiyama, atteint 12 389 pieds de haut. Les volcans sont une caractéristique importante du Japon. Il y a 192 volcans sur les îles qui composent le Japon, dont seulement 50 sont considérés comme actifs.
Une autre caractéristique physique importante est la plaine de Kanto. Bien que seulement 20 pour cent du Japon soit plat, la plaine de Kanto est vaste. C'est là que se trouve Tokyo. Les quelques plaines sont importantes, car c'est là que vit la majorité de la population et où se déroulent l'agriculture et la fabrication.
Bien qu'il y ait peu de lacs, le plus grand est le lac Biwa. Il se trouve sur Honshu et fait 265 miles carrés. Une autre étendue d'eau importante est la mer intérieure, située entre trois des îles du Japon : Shikoku, Kyushu et Honshu. Il existe de nombreuses rivières au Japon, mais aucune ne peut être parcourue en bateau. Cependant, ces rivières sont d'importantes sources d'irrigation et d'énergie hydroélectrique. Le fleuve le plus long est Shinano, et il parcourt 230 miles.
