Le Japon contient une végétation telle que les mangroves, les forêts subtropicales, les herbes forestières, les forêts du nord, les arbres à fleurs, les plantes alpines et les plantes forestières. Les forêts subtropicales se trouvent dans le sud et les forêts contenant du sapin, du pin et de l'épinette sont situées dans le nord.
Le Japon compte 7 000 plantes indigènes sous forme de fougères et de plantes à graines. Les forêts de l'extrême nord du Japon se trouvent à Hokkaido. Les plantes alpines poussent dans les parties supérieures de Shikoku et Honshu.
Une forme notable de la végétation japonaise est le cerisier, et les fleurs sont un symbole national du Japon. Le Japon a une grande variété de fleurs de cerisier, mais la variété Somei Yoshino est la plus populaire, composée de pétales blancs avec un soupçon de rose. Le yaezakura fleurit de grandes fleurs aux pétales roses éclatants, et le cerisier pleureur porte également des fleurs roses.
Viburnum furcatum est une plante des bois qui pousse bien dans un sol humide et exempt de calcaire, et elle s'adapte aux conditions climatiques plus fraîches. Ces arbustes poussent dans les zones humides et les fleurs apparaissent en mai. Les insectes doivent polliniser chaque fleur pour que les graines émergent en octobre.
Hakonechloa macra est un type d'herbe forestière que l'on trouve généralement dans les montagnes. Cette plante aime les zones ombragées et préfère pousser sur un terrain humide et rocailleux. Les feuilles ont un effet drapé et l'herbe contient de petites pousses, semblables au bambou.