Les caractéristiques physiques de l'Asie du Sud-Est comprennent des chaînes de montagnes, des plaines, des péninsules, des détroits et des îles. Le Vietnam et l'Indonésie sont bien connus pour leurs chaînes de montagnes. La plus haute montagne d'Asie du Sud-Est est Hkakabo Razi au Myanmar, qui culmine à plus de 19 000 pieds. D'autres caractéristiques notables incluent le bassin du Tonlé Sap et les basses terres du Mékong au Cambodge. Les îles et volcans de l'archipel malais font également partie de l'Asie du Sud-Est.
La péninsule malaise fait partie de l'Asie du Sud-Est et comprend les pays de la Thaïlande, de Singapour et de certaines parties de la Malaisie et du Myanmar. Cette péninsule est divisée par une chaîne de montagnes centrale qui comprend le mont Tahan. Les rivières coulent à l'est et à l'ouest de la péninsule. La rivière Pahang est remarquable car c'est la plus longue rivière de la péninsule malaise, couvrant un total de miles 271.
De nombreux pays d'Asie du Sud-Est bordent l'océan. La région compte donc plusieurs détroits, golfes et deltas. Il s'agit notamment du détroit de Malacca, du détroit de Singapour et du golfe de Thaïlande. L'Asie du Sud-Est comprend également plus de 25 000 îles situées dans l'archipel malais. L'archipel se compose de plusieurs chaînes d'îles plus petites. Ces petits archipels comprennent l'Indonésie, les îles Philippines, les îles Moluques et la Nouvelle-Guinée et ses îles environnantes.