Les cornouillers fleuris sont sensibles à un grand nombre de maladies, et certaines d'entre elles, comme l'anthracnose du cornouiller, affectent davantage les variétés à fleurs roses que celles à fleurs blanches. Alors que certaines de ces maladies ne provoquent que des défauts mineurs ou dommages superficiels, d'autres sont beaucoup plus graves et peuvent tuer l'arbre.
L'anthracnose du cornouiller, qui est courante dans l'est des États-Unis, est l'une des maladies les plus dommageables pour les cornouillers roses. La maladie, qui est causée par une infection fongique, commence par provoquer de petites taches violettes ou beiges sur les feuilles de l'arbre. Si elle n'est pas traitée, elle peut rapidement se propager aux branches et au tronc de l'arbre, provoquant de grosses excroissances ou des chancres. Ces chancres peuvent éventuellement se développer autour de toute la branche ou du tronc, privant les arbres de nutriments et provoquant leur mort.
Le chancre de la couronne est la pire maladie qui affecte les cornouillers dans l'est des États-Unis, selon le Missouri Botanical Garden. Cette maladie est également causée par une infection fongique et peut entraîner l'annelage de l'arbre. Cependant, cette maladie est plus susceptible de tuer l'arbre que l'anthracnose du cornouiller car elle se produit presque toujours sur le tronc de l'arbre, alors que l'anthracnose se produit souvent sur les tiges ou les branches mineures.
La moisissure grise, l'oïdium et la pourriture des racines à Armillaria sont d'autres affections courantes chez les cornouillers qui sont toutes causées par différents types de champignons.
