Le gouvernement maya contrôlait les opérations gouvernementales et les affaires politiques principalement au niveau de l'État ; les cités-états individuelles dérivaient le leadership de chefs militaires appelés nacoms et grands prêtres ou rois, qui gouvernaient individuellement ou en groupes. En règle générale, chaque cité-état sous contrôle maya combinait le pouvoir militaire avec la loi religieuse. Bien que certains États mayas bénéficiaient d'une autonomie, d'autres sont tombés sous le contrôle d'unités plus importantes appelées capitales.
A côté des nacoms, des personnalités nobles telles que des rois et des prêtres formaient le sommet de la hiérarchie du gouvernement maya. Nacoms a servi des termes de trois ans. Au cours de leur mandat en tant que dirigeants, les nacoms ont supervisé les opérations militaires de leurs États gouvernés. Ils ont développé des stratégies militaires pour des opérations à court et à long terme et organisé des troupes pour les combats. Les cités-États mayas manquaient d'armées permanentes, mais appelaient des soldats de réserve pour se battre en cas de besoin. Près de 20 unités d'État existaient dans la structure du gouvernement maya. Ces États présentaient des dispositions similaires avec des centres urbains définis et des zones rurales extérieures. Les civils au sein des cités-États bénéficiaient de la protection des dirigeants, et en retour de la sécurité, mais faisaient face à des répercussions pour avoir désobéi aux ordres de leurs supérieurs. Les cités-États ont acquis un leadership religieux grâce à une structure similaire. Un seul grand prêtre a chargé des groupes de prêtres, appelés batabs, d'exercer des fonctions administratives et de planifier des événements et des activités religieux. Les conseils locaux, formés de fonctionnaires municipaux et d'agents de police, ont aidé les batabs à organiser et à faire respecter les lois.