L'épopée de Gilgamesh a plusieurs thèmes moraux, mais le thème principal est que l'amour est une force de motivation. D'autres thèmes moraux dans cette épopée sont l'inévitabilité de la mort et le danger de traiter avec les dieux .
L'amour au sein de l'amitié d'Enkidu et Gilgamesh les incite tous les deux à être de meilleurs hommes de différentes manières. Gilgamesh a réussi à sortir Enkidu de ses voies égocentriques et à inspirer Enkidu à la noblesse. À son tour, Enkidu vérifie l'agitation de Gilgamesh et motive Gilgamesh à arrêter son intimidation et sa tyrannie, lui permettant de devenir un meilleur héros et roi. Leur connexion permet à Gilgamesh d'être en contact avec les besoins de son peuple.
Le manque d'intérêt féminin romantique pour cette épopée ne signifie pas que l'amour érotique ne joue aucun rôle. L'éducation d'Enkidu commence par son initiation sexuelle par une prostituée du temple. C'est ce qui commence les ennuis des deux héros, car cela coïncide avec leur désapprobation d'Ishtar, la déesse de l'amour. Ce n'est que lorsque Gilgamesh comprend que sa place est sur terre qu'Ishtar retrouve sa place d'honneur.
Une autre grande leçon que Gilgamesh apprend est la vérité incontournable de la mort humaine. Il en veut à l'immortalité des dieux, et quand Enkidu meurt d'une mort douloureuse, Gilgamesh devient encore plus terrifié à l'idée de sa propre mort. Sa deuxième quête dans Utnapishtim, une tentative d'échapper à la mort, lui apprend que même si les humains meurent, l'humanité vit toujours.
Gilgamesh et Enkidu apprennent tous deux que les dieux sont dangereux à gérer, car ils peuvent se comporter de manière émotionnelle et irrationnelle. A travers le grand déluge, ils apprennent que les actions des dieux ne peuvent être comprises par les humains. En Mésopotamie, la piété et le respect des dieux ne sont pas des obligations mais plutôt une reconnaissance pratique du pouvoir de la nature et un rappel du rôle de l'humanité dans le grand schéma des choses.