La principale différence entre AGP et PCI est que les cartes PCI, ou cartes d'interconnexion de composants périphériques, n'ont accès qu'à la mémoire intégrée de la carte, tandis que les AGP, ou cartes de ports graphiques accélérés, ont accès à la mémoire système afin pour assister les opérations complexes comme le mappage de texture. Un slot AGP donne à une carte vidéo un accès direct au processeur via un bus dédié, lui fournissant plus de bande passante que le PCI.
Les slots AGP ont également un canal point à point dédié qui fournit au contrôleur graphique un accès direct à la mémoire principale du système lors du traitement des graphiques. Ces améliorations permettent à la carte vidéo AGP de fonctionner beaucoup plus rapidement qu'une carte PCI.
Une autre différence entre les deux est que PCI est un bus tandis qu'AGP est un port puisqu'il connecte deux nœuds. PCI et AGP diffèrent également en termes d'alignement minimum et d'exigences de longueur pour les transactions. Les transactions PCI sont alignées sur des limites de 4 octets et doivent être des multiples de 4 octets tandis que les transactions AGP sont alignées sur des limites de 8 octets et doivent être des multiples de 8 octets. Les emplacements PCI et AGP sont de tailles différentes. Cela signifie que les cartes PCI ne peuvent pas tenir dans les emplacements AGP et vice versa. Chacun des systèmes graphiques a sa propre connexion dédiée.