Les médecins Foster et Smith recommandent d'utiliser un produit contenant des pyréthrines, qui est le même ingrédient que l'on trouve dans certains produits utilisés pour traiter les puces chez les chats, pour traiter les puces chez les cobayes. Les pyréthrines sont des produits chimiques naturels extraits de les fleurs de chrysanthèmes.
Les pyréthrines tuent les puces en interrompant la communication entre les cellules du système nerveux. De nombreux produits formulés pour traiter les puces chez les chats et les chiens n'ont pas été testés sur les cobayes, il est donc important de consulter un vétérinaire avant de choisir un traitement contre les puces pour cobayes. L'utilisation d'un peigne à puces pour éliminer les puces vivantes et la saleté des puces de la fourrure du cobaye est une autre façon de tenir les puces à distance.