Les habitats des arthropodes vont des régions polaires aux zones urbaines (y compris les parcs, jardins et bâtiments), les forêts tempérées et de conifères, les forêts tropicales et les forêts tropicales humides, et les déserts et semi-déserts. Les arthropodes se trouvent également dans les habitats ouverts, tels que les savanes, les prairies et les broussailles.
Les arthropodes peuvent également être trouvés dans les zones humides, les lacs, les étangs, les marais, les marécages et les tourbières. Les larves de certains arthropodes vivent dans l'eau courante, comme les rivières et les ruisseaux. On les trouve dans les mers et les océans. Certains sont parasites et vivent sur ou à l'intérieur d'autres animaux. Cette capacité à s'adapter à une grande variété d'habitats a fait des arthropodes l'un des groupes d'animaux les plus prospères sur terre.
Parmi les arthropodes qui vivent dans les mers et les océans se trouvent les crustacés, tels que les homards, les crabes, les crevettes et leurs proches. Ce groupe contient le plus grand arthropode du monde, l'araignée de mer japonaise. Cet animal peut atteindre 12 pieds de long et vivre un siècle ou plus.
Les scorpions sont chez eux dans le désert. Il s'agit d'un ancien groupe d'arthropodes et d'ours pédipalpes qui ressemblent à des griffes et à des queues recourbées avec un dard à l'extrémité.
Les mouches noires se trouvent près de l'eau et peuvent également être trouvées dans la région arctique. Des essaims d'entre eux tourmentent les hôtes, y compris le bétail et les humains. Les puces sont des arthropodes qui existent en tant que parasites externes sur les hôtes mammifères.