L'avantage le plus important d'un logiciel personnalisé est qu'il est conçu sur mesure pour répondre aux besoins spécifiques des utilisateurs. Une entreprise n'a pas besoin d'ajuster ses processus pour tirer pleinement parti du logiciel. Les logiciels personnalisés sont plus évolutifs que les progiciels prêts à l'emploi. Il permet également d'économiser de l'argent sur le coût d'acquisition du matériel.
Un logiciel personnalisé est spécialement conçu pour répondre aux besoins d'une entreprise donnée. Ce type de logiciel peut aider à protéger une entreprise contre les menaces externes. Les logiciels standard couramment utilisés sont vulnérables au piratage. Les logiciels personnalisés, en revanche, peuvent être une cible improbable pour les pirates, car ils peuvent nécessiter beaucoup plus d'efforts pour comprendre comment percer le système. Les logiciels personnalisés sont plus susceptibles d'être compatibles avec les systèmes existants. Il est plus improbable que plusieurs progiciels prêts à l'emploi s'harmonisent parfaitement et sans interruption. Les utilisateurs peuvent conserver des applications personnalisées aussi longtemps qu'elles doivent être utilisées. Avec des progiciels prêts à l'emploi, en revanche, une entreprise est à la merci des développeurs ou des fournisseurs de logiciels. Si les développeurs de logiciels font faillite ou décident de ne pas maintenir le produit, l'utilisateur est contraint de passer au logiciel.
