La disposition de Penn Station se compose de trois niveaux : un niveau de rue, un niveau supérieur et un niveau inférieur. La disposition comprend également des voies ferrées et des quais, des zones de stockage de bagages, des boutiques et des restaurants. Le niveau de la rue comprend les entrées principales de Penn Station, y compris l'entrée de la 34e rue Long Island Rail Road près de la 7e Avenue, les entrées de la 7e avenue LIRR et du New Jersey Transit aux 31e et 32e rues, et les entrées de la 8e avenue Amtrak aux 31e et 33e rues .
Le niveau supérieur de Penn Station est l'emplacement du service de train Amtrak et New Jersey Transit. Le côté 8th Avenue du bâtiment abrite les plates-formes Amtrak, tandis que le côté 7th Avenue du bâtiment abrite le terminal NJ Transit. Le niveau inférieur est l'emplacement des plates-formes LIRR et comprend plusieurs halls : le West End Concourse, le Exit Concourse, le Central Concourse, le Hilton Corridor et le Connecting Concourse. De là, une connexion est possible avec les lignes A, C et E du métro de New York, et 1, 2 et 3.
Les ascenseurs permettent d'accéder au niveau de la rue et de la gare aux installations de Penn Station aux entrées principales de la 34e rue et de la 7e avenue. Penn Station abrite un certain nombre de vendeurs de nourriture et de boissons, ainsi que des fournisseurs de magasins et de services.
