Tous les plans d'eau sur terre sont des biomes aquatiques. Les biomes aquatiques sont les plus grands de tous les biomes, car l'eau couvre environ les trois quarts de la planète, et ils sont divisés en deux grandes catégories : l'eau marine et l'eau douce.
Les biomes marins sont de l'eau salée et comprennent les océans, les estuaires et les récifs coralliens. Ces biomes abritent d'innombrables espèces animales et végétales. La majeure partie de l'oxygène du monde est fournie par les algues trouvées dans la région marine. Les océans sont le plus grand biome marin. Les biomes océaniques sont divisés en quatre sous-catégories : intertidaux, pélagiques, abyssaux et benthiques. Les récifs coralliens se trouvent dans les eaux marines peu profondes et chaudes. Les estuaires se forment lorsque l'eau douce se jette dans l'eau salée, créant un écosystème aquatique diversifié.
Les biomes d'eau douce comprennent les lacs, les rivières, les étangs, les marécages et les zones humides qui contiennent une concentration de sel plus faible que les biomes marins. Les lacs et les étangs sont beaucoup plus petits que les océans et n'abritent qu'une fraction des espèces que l'on peut trouver dans les océans. Ces plans d'eau sont divisés en deux sous-catégories de biomes : la zone littorale et la zone limnétique.
Les zones humides comprennent les clairières, les marécages et les marais. Ce sont généralement de très grandes étendues d'eau et abritent une grande variété de plantes et d'animaux aquatiques. Les rivières et les ruisseaux font également partie du biome d'eau douce. Étant donné que ces plans d'eau sont en mouvement constant, les espèces végétales et animales sont extrêmement diverses et varient en fonction des conditions et de la température de l'eau.
