Dans la nature, les guppys se nourrissent de matière organique, notamment d'algues, d'artémias, de diatomées, de larves d'insectes aquatiques et de restes et particules d'animaux et de plantes. Les guppys sont omnivores, ce qui signifie qu'ils mangent soit des plantes soit matière animale.
Les habitudes alimentaires des guppys varient en fonction de l'emplacement et de la disponibilité de la nourriture. Les guppys ont des préférences alimentaires faibles et variables basées sur l'abondance et la présence de concurrents. Les algues sont la source de nourriture la plus courante pour les guppys, mais elles manquent de valeur nutritionnelle. Les guppys qui ont accès aux invertébrés ont une meilleure alimentation. En raison de leurs nageoires proéminentes et de leur petite taille, les guppys ont de nombreux prédateurs naturels dans la nature.
