Au cours d'une cystoscopie flexible, les hommes peuvent ressentir une gêne lorsque le médecin insère le cystoscope dans l'urètre et la vessie, et ils peuvent ressentir une légère sensation de pincement si le médecin effectue une biopsie, déclare WebMD. Pour deux jours, les patients peuvent ressentir une douleur urétrale et une sensation de brûlure en urinant.
En 2015, des études montrent que les patients ressentent le plus de douleur lors d'une cystoscopie flexible lorsque le cystoscope traverse l'urètre, enregistrant un score de douleur moyen de 2,82 sur une échelle de 1 à 10. Les scores de douleur allaient de 0,14 à 0,33 à à d'autres moments au cours de la procédure, note le National Center for Biotechnology Information. Lorsque la cystoscopie a lieu dans un cabinet médical, les patients qui peuvent voir la procédure sur un écran vidéo au fur et à mesure qu'elle se déroule ressentent environ 40 % moins de douleur que les patients qui ne peuvent pas voir la procédure.