Le scénario du mode Zombie de "Call of Duty Black Ops 2" tourne autour d'Edward Richtofen après les événements du DLC lunaire de "Call of Duty Black Ops". Le mode histoire, intitulé Tranzit, permet aux joueurs de tenter de résoudre le mystère de la mort de la Terre tout en combattant des hordes sans fin de zombies. Le joueur reçoit l'aide de Richtofen et du Dr Maxis.
Selon le site Web officiel de "Call of Duty", bien que le mode Zombie de "Call of Duty" ait un arc narratif, il ne s'agit pas d'une campagne en raison de sa fonctionnalité sans fin. Même le mode Tranzit dans "Black Ops 2", bien qu'il se concentre sur les aspects de l'histoire, est avant tout un jeu basé sur les scores. "Black Ops 2" a quatre modes Zombie différents. Tranzit est une horde infinie de zombies avec divers aspects de l'histoire et un monde ouvert. Le mode Survie se déroule dans un segment spécifique du monde ouvert de Tranzit et oppose les joueurs à une horde sans fin. Le mode Deuil oppose des équipes de quatre joueurs humains les unes contre les autres ainsi que contre des zombies. Les joueurs peuvent choisir de se battre ou d'essayer d'utiliser les zombies à leur avantage. Enfin, les jeux personnalisés permettent aux joueurs d'ajuster les types d'objets, les moyens de tuer les zombies et la limite de temps de leur jeu.