Les hippocampes occupent une position intermédiaire dans leur chaîne alimentaire. Ce sont des carnivores qui se nourrissent de minuscules crustacés, comme les crevettes. Les crevettes se nourrissent d'algues, situées près de la base de la chaîne alimentaire. Les hippocampes sont la proie des crabes et des poissons, qui sont mangés par des poissons plus gros. Ces gros poissons sont chassés par des prédateurs au sommet, notamment des requins qui se trouvent au sommet de la chaîne alimentaire.
Les hippocampes utilisent leur queue préhensile pour s'ancrer aux plantes ou au corail. Parce qu'ils sont sédentaires et se camouflent facilement, ils peuvent tendre une embuscade à leurs proies à tout moment. Lorsque les crevettes et autres petits organismes nagent à côté d'eux, les hippocampes les aspirent rapidement avec leur museau allongé. Ils se nourrissent en continu et peuvent manger jusqu'à 3 000 artémias par jour.
Les hippocampes sont des nageurs lents, plutôt incompétents qui se fatiguent facilement, ils utilisent donc leur camouflage naturel pour se cacher des prédateurs. Les hippocampes sont souvent capturés comme spécimens pour les aquariums. Les humains les pêchent également en Asie de l'Est parce que les indigènes croient que les hippocampes ont des propriétés médicinales. La Convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore sauvages menacées d'extinction tente de contrôler l'importation et l'exportation d'hippocampes, bien que plusieurs pays se soient retirés de ces réglementations.
