Les crocodiles d'eau salée sont menacés en raison de la perte de leur habitat et des activités humaines, telles que la chasse illégale et le braconnage. Les crocodiles d'eau salée ont peu de prédateurs naturels, mais attirent l'attention des humains pour leur viande, leurs œufs et leur peau. La compétition pour l'espace avec les communautés humaines et leur tendance à attaquer les gens sur leurs territoires font également des crocodiles d'eau salée des cibles pour les humains.
Les crocodiles d'eau salée prospèrent dans les océans et les mers au large de l'Asie du Sud-Est, de l'Inde orientale et de certaines parties de l'Australie. La taille des populations et le statut d'espèce en danger varient selon les différents groupes. Les estimations placent la taille de la population mondiale entre 200 000 et 300 000 animaux. Malgré leurs noms, ces créatures aquatiques habitent les zones d'eau douce en plus des eaux salées.
Comme de nombreuses autres espèces de crocodiles, les gens du monde entier exigent des pièces et des produits de ces crocodiles, en particulier leur peau. La chasse illégale continue de présenter un risque pour les crocodiles, en particulier ceux d'Australie, malgré la mise en place d'une protection légale. En vertu du droit international, les crocodiles d'eau salée bénéficient d'une protection grâce à leur classement à l'annexe I ou à l'annexe II. Ces listes interdisent leur collecte ou autorisent des captures limitées.
La perte d'habitat, en particulier en Australie, menace également les populations de crocodiles. Ils perdent de plus en plus leurs habitats à cause de l'empiètement humain et de l'altération des terres, principalement pour les productions agricoles. La conversion des terres en fermes perturbe les aires de nidification et de reproduction des crocodiles, car ces zones sont endommagées par les buffles d'eau et le bétail.
