Différents types de geckos peuvent être identifiés par leur taille, leur coloration, leurs motifs et leurs marques, ainsi que par leur habitat naturel. D'autres formes d'identification sont de savoir si le gecko peut changer de couleur, de tempérament et si ses orteils ont des coussinets adhésifs.
D'autres façons d'identifier un gecko incluent s'il est plus actif le jour ou plus actif la nuit, bien que la plupart des geckos soient nocturnes. De nombreux types de geckos peuvent se reproduire par parthénogénétique, et une autre façon de différencier les types de geckos est le temps nécessaire à l'éclosion de leurs œufs. L'éclosion peut durer de un à trois mois. Les herpétologues étudient également souvent les pores de la peau d'un gecko pour déterminer de quel type il s'agit. La plupart des types de geckos sont capables de perdre leur queue si leur queue est tirée, mais certaines races sont capables de perdre leur queue à volonté s'ils sont attaqués.
Certains types de geckos ont des caractéristiques distinctives plus évidentes : le gecko volant a des lambeaux de peau entre son cou et ses pattes qui l'aident à glisser d'arbre en arbre, de la même manière que les écureuils volants, et le gecko crocodile ressemble à un petit crocodile car sa peau et sa queue sont pleines d'épines.
