Les jaguars sont menacés en raison de la destruction de leur habitat, de la chasse et de la persécution par les éleveurs de bétail. Ils ne sont menacés que dans certaines parties de leur aire de répartition, comme les États-Unis, le Mexique et le Salvador. Ils ont des populations stables, mais le développement humain les menace partout.
Les jaguars préfèrent les forêts tropicales humides des basses terres, mais on les trouve également dans les marécages, la garrigue et d'autres environnements. Ils sont des membres clés de leurs écosystèmes et sont des prédateurs de pointe dans tout leur habitat. Ils sont très répandus, mais n'occupent que 46 % de leur aire de répartition historique en 2014. Leurs seuls grands prédateurs sont les humains, bien que les jeunes jaguars soient vulnérables aux autres prédateurs et dépendent totalement de leur mère pour leur protection.