John Hagee a écrit dans une lettre de 1975 à sa congrégation qu'il était coupable d'immoralité, après quoi il a divorcé de sa femme, Martha Downing. L'immoralité exacte est inconnue. Il a épousé Diana Castro, membre de sa congrégation, le 12 avril 1976. Le remariage immédiatement après son divorce a conduit à des allégations selon lesquelles il aurait eu une liaison pendant son mariage.
Hagee a épousé Downing en 1960 et le couple a eu deux enfants ensemble. Hagee était le pasteur de l'église Trinity à San Antonio, mais les critiques de son divorce l'ont poussé à démissionner.
Hagee a trois enfants avec Castro, nommés Matthew, Christina et Sandy. Hagee et ses enfants avec Castro sont également des musiciens, qui ont joué ensemble sous le nom de The Hagees.
Le 11 mai 1975, Hagee a inauguré une nouvelle église, appelée The Church at Castle Hills. Bien qu'il n'ait eu que 25 membres au départ, il a rapidement pris de l'ampleur, menant à deux expansions. Le premier était un sanctuaire de 1 600 places, et le second était un sanctuaire de 5 000 places. Hagee a nommé le deuxième sanctuaire Cornerstone Church. Son fils, Matthew, a ensuite pris la relève en tant que pasteur exécutif de l'église.
Hagee a écrit des livres et de nombreuses chaînes de télévision religieuses diffusent ses sermons. Il a également fondé des organisations religieuses.
