Bien que le silicium élémentaire soit inerte et non dangereux en soi, certaines formes transformées de l'élément peuvent avoir des effets négatifs sur la santé. Le silicium cristallin irrite les yeux et provoque une inflammation de la peau au contact, tandis que l'inhalation de la substance aggrave les muqueuses du système respiratoire.
Des études suggèrent que l'exposition professionnelle régulière au silicium cristallin et à la silice conduit au cancer du poumon, à la bronchite, aux troubles pulmonaires obstructifs chroniques et à l'emphysème. De plus, l'exposition à la silice est liée à des troubles auto-immuns et rénaux ainsi qu'à une augmentation des infections mycobactériennes. De nombreux rôles professionnels sont à risque d'exposition régulière au silicium, notamment les mineurs, les potiers, les fabricants de briques et d'autres qui travaillent dans les industries à base de minéraux.