La constipation n'est pas un effet secondaire associé au lait maternisé au soja. Le lait maternisé au soja est un traitement contre la constipation chez les nourrissons. L'Institut national de la santé classe les préparations pour nourrissons à base de soja comme une substance peu préoccupante en ce qui concerne les effets secondaires.
En plus de son utilisation contre la constipation, le lait maternisé au soja est prescrit aux nourrissons allergiques au lait. Aux États-Unis, trois pour cent des nourrissons souffrent d'allergies au lait et la plupart finissent par les dépasser. Le lait de soja est le traitement le plus courant pour cette allergie, et il est nutritionnellement équivalent au lait maternisé de vache. Le lait maternisé au soja représente 12 % de toutes les ventes de lait maternisé aux États-Unis en 2014, ce qui représente une baisse de 50 % des ventes par rapport au pic de 1999.
Le seul effet secondaire documenté du lait maternisé au soja chez l'homme est son effet sur les personnes allergiques au soja. Les études animales montrent une corrélation entre une consommation élevée de soja et une puberté précoce en raison de niveaux accrus d'œstrogènes, mais cette découverte n'est pas confirmée chez l'homme. L'Institut national de la santé et le ministère de l'Agriculture des États-Unis citent tous deux des études à long terme comme preuve que le lait maternisé à base de soja est une alternative sûre au lait maternisé de vache, bien que les deux agences encouragent les parents à nourrir les nourrissons au lait maternel au lieu du lait maternisé dans la mesure du possible.