Certaines des différences entre "Ms. Pacman" et "Pacman" incluent l'ajout d'une paire supplémentaire de tunnels de distorsion dans trois des quatre labyrinthes du jeu. De plus, les labyrinthes eux-mêmes sont différents des jeux "Pacman" originaux.
Dans les jeux "Ms. Pacman", les modèles de comportement des fantômes sont différents de ceux de "Pacman", et ils incluent également un élément aléatoire dans les mouvements des fantômes. Cela empêche les joueurs de mémoriser les schémas dans lesquels se déplacent les fantômes, ce qui rend le jeu un peu plus difficile que "Pacman".
Les fruits du jeu se comportent également différemment. Plutôt que d'apparaître au centre de la carte, les fruits de "Ms. Pacman" rebondissent le long du labyrinthe de manière aléatoire, entrant et sortant des tunnels de distorsion dans chaque labyrinthe. De plus, une fois que chaque fruit a été rencontré, ils apparaissent de manière aléatoire. Cela commence au 8e tour.
Des modifications ont également été apportées à l'animation de la mort de Mme Pacman. Au lieu de se replier sur elle-même et de disparaître comme Pacman, Mme Pacman se retourne simplement chaque fois qu'elle touche un fantôme. Les effets sonores de sa mort sont également modifiés, tout comme de nombreux autres sons du jeu.
"Ms. Pacman" a un bug dans ses sous-programmes qui rend le jeu injouable après le 256e tour. Cependant, de nombreux autres bugs apparaissent beaucoup plus tôt pendant le jeu, ce qui rend peu probable qu'un joueur atteigne le 256e tour sans l'utilisation de l'émulation.
