"Three Skeleton Key" concerne trois hommes qui travaillent dans un phare sur une île nommée Three Skeleton Key. Il se concentre sur un incident où un navire rempli de rats s'écrase sur l'île, et les hommes doivent se battre pour rester en vie.
Les trois hommes travaillant au phare sont le narrateur anonyme, Le Gleo et Itchoua. Ils repèrent le navire abandonné à son approche, puis voient les rats à mesure qu'il se rapproche. Ces rats sont gros et vicieux, et les hommes supposent que les rats ont tué et mangé l'équipage du navire.
Lorsque le navire s'écrase sur l'île, les hommes sécurisent le phare pour empêcher les rats d'entrer. Ils passent de nombreux jours et nuits pris au piège, et bien qu'ils aient des fournitures, le prochain navire de ravitaillement n'est pas prévu avant des semaines. Ils sont incapables de demander de l'aide, car ils devraient sortir.
Le sceau d'une fenêtre s'effondre une nuit, et les hommes doivent combattre la horde de rats. Ils s'enferment dans la salle des lanternes. Sans nourriture ni eau, ils décident d'éviter d'allumer la lanterne, ce qui n'est généralement fait que si tout le monde dans le phare est mort.
Leur plan leur permet finalement d'être sauvés, après que les garde-côtes ont aidé à tuer les rats. Cependant, l'incident rend Le Gleo fou et Itchoua meurt d'une infection. Le narrateur décide de continuer à travailler au phare.
