Aucun outil n'est nécessaire pour nettoyer les mixeurs Ninja. Le Mega Kitchen System, le mixeur Professional, le Nutri Ninja et le mixeur Ultimate nécessitent tous les mêmes méthodes de nettoyage. La base du moteur est nettoyée avec un chiffon humide et les pichets, couvercles, lames et accessoires vont au lave-vaisselle.
Pendant que le pichet est nettoyé sur le panier inférieur du lave-vaisselle, les plus petits morceaux sont placés sur le panier supérieur. Une autre façon de nettoyer un mixeur Ninja est de le remplir aux trois quarts d'eau tiède, d'ajouter une petite quantité de liquide vaisselle, de mettre le couvercle et d'appuyer plusieurs fois sur PULSE. Une fois le mixeur propre, tous les composants sont rincés à l'eau courante. Le mixeur ne doit pas être stocké tant que les morceaux n'ont pas complètement séché.