Andrew Weil, MD, recommande de commencer le traitement probiotique en même temps qu'une prescription d'antibiotiques. Les probiotiques peuvent être pris avec de la nourriture au petit-déjeuner et au dîner, et ils ne doivent pas être interrompus avant quelques jours. une fois la série d'antibiotiques terminée. Weil conseille d'utiliser des marques contenant des milliards d'unités formant des colonies ainsi que les souches Bacillus coagulans (BC-30) ou Lactobacillus GG.
NowFoods souligne l'importance de protéger l'intégrité des cultures de bactéries vivantes en suivant les instructions de stockage recommandées par le fabricant. Les probiotiques liquides doivent être conservés au réfrigérateur pour les garder frais, et il est recommandé de traiter les gélules et les comprimés de la même manière. Si cela n'est pas possible, les gélules et les comprimés doivent être conservés dans un endroit frais et sec, à l'abri de la chaleur et de l'humidité. Les probiotiques sont souvent vendus avec des sachets fraîcheur pour gérer leur exposition aux effets néfastes sur l'environnement. La puissance de ces suppléments diminue lentement à un taux d'environ 5 pour cent chaque mois au cours de plusieurs mois jusqu'à ce qu'ils soient finalement rendus inutiles. Conserver les probiotiques au réfrigérateur aide à ralentir ce taux de déclin et prolonge leur efficacité. Pour cette raison, Weil conseille aux gens de rester conscients de la date d'expiration des probiotiques et de les remplacer si cette date expire.