Les homards respirent par des branchies, qui sont situées dans une structure appelée la carapace. La carapace est située au sommet du céphalothorax, communément appelé la tête du homard. Il y a 20 paires de branchies qui sont séparées en deux chambres branchiales à l'intérieur de la carapace. Les branchies sont constituées de filaments courts et fins qui absorbent l'oxygène directement de l'eau.
L'eau pénètre dans le corps du homard par des ouvertures situées sous son corps. L'eau est forcée à travers les chambres branchiales par une structure appelée presse à balles branchiales ou écope. Le courant d'eau, qui s'écoule normalement vers la tête du homard, peut être inversé pour éliminer les débris des branchies et des chambres branchiales. Le flux d'eau emporte également l'urine, qui contient des signaux biochimiques sur le sexe, l'état de reproduction et le stade de mue de l'individu.
Les branchies du homard sont très sensibles aux maladies environnementales, telles que la calcinose excrétrice, qui provoque l'accumulation de minéraux sur les branchies, selon Wikipedia. Cela finit par tuer le homard car il bloque l'absorption d'oxygène de l'eau. Il y a eu une épidémie de cette maladie en 2002, dans le détroit de Long Island, qui aurait été causée par des températures plus chaudes de l'eau près du fond de l'océan, qui est l'habitat naturel du homard.
