L'objectif de Clue Jr. est de découvrir quel enfant se cache dans quelle pièce avec quel animal de compagnie. Pour résoudre le mystère, un joueur doit visiter toutes les pièces, ouvrir les portes pour trouver des indices cachés et rayer les enfants, les animaux domestiques et les pièces qu'elle y trouve de son bloc-notes de détective. Chaque fois qu'un élément est rayé de la liste, un enfant, une chambre ou un animal domestique est éliminé.
Un joueur fait tourner la roue numérique à son tour et déplace sa pièce du nombre approprié d'espaces dans n'importe quelle direction. Lorsqu'elle atterrit sur un tapis à l'extérieur de l'une des pièces, elle peut ouvrir la porte. Tous les éléments vus là-bas doivent être rayés de son bloc-notes de détective. Elle y reste jusqu'à son prochain tour, quand elle peut tourner et se déplacer à nouveau. Lorsqu'elle atterrit sur un escalier de passage secret, elle se déplace dans le passage et sort de l'espace de l'autre côté du plateau.
Les joueurs continuent à tourner à tour de rôle jusqu'à ce qu'un joueur n'ait plus qu'un enfant, une pièce et un animal de compagnie sur son bloc-notes de détective. Le joueur doit indiquer aux autres joueurs l'animal, l'enfant et la chambre qui restent sur son bloc-notes. Si celles-ci correspondent aux cartes dans la porte du révélateur bleu clair, elle gagne. S'ils ne correspondent pas, elle est hors jeu et le jeu continue jusqu'à ce qu'un autre joueur devine correctement.
