Les chats Maine Coon vivent normalement de 12 à 15 ans. Ils sont généralement robustes et sains mais sont sujets à plusieurs troubles génétiques, dont la dysplasie de la hanche et la cardiomyopathie hypertrophique féline.
La dysplasie de la hanche est une anomalie de la hanche qui peut provoquer des boiteries et de l'arthrite. La HCM féline est la cause la plus fréquente de maladie cardiaque chez les chats et est un trouble progressif qui peut entraîner une insuffisance cardiaque et une mort subite. Une autre maladie génétique parfois observée chez les Maine Coons est l'atrophie musculaire spinale, qui provoque une faiblesse musculaire et une durée de vie raccourcie. Les éleveurs responsables dépistent leurs reproducteurs et leurs chatons pour ces troubles.