La première épouse de John Denver était Annie Martell, qu'il a épousée en 1967. Sa deuxième épouse était Cassandra Delaney, une actrice qu'il a épousée en 1988, six ans après son divorce d'avec Annie Martell.
John Denver a rencontré Annie Martell dans un collège du Minnesota où il jouait avec son groupe. Les deux se sont mariés l'année suivante et ont ensuite adopté deux enfants, Zachary et Anna Kate. Denver et Martell ont divorcé en 1982.
Denver a épousé sa seconde épouse, l'actrice Cassandra Delaney, après une cour de deux ans. Denver et Delaney ont eu une fille, Jesse Bell. Le couple s'est séparé en 1991 et a divorcé en 1993.