Howard Garns, un créateur indépendant de puzzles, a inventé le Sudoku en 1979, bien qu'il l'ait appelé "Number Place". Des puzzles similaires étaient répandus au XVIIIe siècle en Suisse et plus tard en France.
Bien que le jeu ait été inventé à Connorsville, dans l'Indiana, il est d'abord apparu au Japon et a gagné en popularité, avant d'être renommé Sudoku. Un juge néo-zélandais nommé Wayne Gould a découvert le jeu à Tokyo et a développé un programme informatique qui a produit des puzzles de Sudoku. En 2004, The Conway, un journal du New Hampshire, a commencé à présenter le Sudoku, et la popularité du puzzle a augmenté de façon exponentielle aux États-Unis et dans le monde depuis.